Ondanks het gebrek aan bewijs blijven velen toch in complottheorieën geloven, zelfs wanneer men onbetwistbaar kan aantonen dat ze niet kloppen. Het is echter te gemakkelijk om complotdenkers weg te zetten als personen met mentale problemen. Complotdenkers komen uit alle lagen van de bevolking en zijn vaak zelfs hoogopgeleid. Hoe komen zij er dan toch toe de vaak bizarre samenzweringstheorieën aan te hangen? In de meeste gevallen hebben deze mensen een gebrek aan directe informatie en zijn ze afhankelijk van wat andere mensen vinden. Men hoort veel, maar men weet heel weinig en wat men al weet blijkt meestal foutief. Wat voor de meeste mensen belachelijk in de oren klinkt, valt voor complotdenkers echter goed te rationaliseren. Soms lijkt het alsof complotdenkers volhardend zijn in hun geloof zonder om de bewijslast geven. Het tegendeel is echter waar. Complotdenkers doen er alles aan om hun theorie te laten 'kloppen'. Ze zijn dan ook naarstig op zoek naar bewijs voor hun favoriete theorie. Daarnaast kunnen ze anderen vaak overladen met een overvloed aan zogenaamd bewijs. Daarbij plaatsen ze verschillende feiten in een verdacht kader en focussen ze zich op details die deze feiten dubieus doen overkomen. Complotdenkers speuren naar eigenaardigheden die het officiële verhaal niet kan verklaren. Bovendien zien ze overal bewijzen in. Tegenbewijzen weten ze dan weer zo om te draaien dat het in het voordeel werkt van de complottheorie. Daarnaast zijn complotdenkers sterk in het verschuiven van de bewijslast. Zo dagen zij critici uit om te bewijzen dat een vermeend complot niet bestaat. De bewijslast ligt echter bij degene die de 'sterke' claim maakt. Verder zien complotdenkers totaal niet in hoe onwaarschijnlijk hun theorieën zijn. Zo houden ze bijvoorbeeld geen rekening met het feit dat hoe groter het complot is en hoe meer mensen erbij betrokken zijn, des te groter de kans is dat het zal falen.

Complottheorieën zijn veelal ideologisch gekleurd en wetenschappelijke feiten worden met het grootste gemak van tafel geveegd. Deze combinatie kan voor catastrofale gevolgen zorgen. Denk bijvoorbeeld aan antisemitische complottheorieën. Er bestaat al zeer lang een verband tussen complottheorieën en antisemitisme. De opvatting dat de Joden de wereld willen controleren, is eeuwenoud. Ook vandaag nog wordt antisemitisme gekleurd door het idee dat Joden zich schuldig maken aan het hebben van rijkdom, macht en invloed en dit gebruiken om regeringen, internationale organisaties, de media enzovoorts te controleren.

Een van de bekendste en beruchtste antisemitische complottheorieën staat beschreven in De Protocollen van de Wijzen van Zion. Dit document werd voor het eerst gepubliceerd in 1905 en er staat onder meer in dat Joden al bijna 3000 jaar bezig zijn met een plan om de wereld te veroveren. In 1921 kwam al aan het licht dat grote stukken tekst ervan geplagieerd waren uit een politiek pamflet van Maurice Joly uit 1864. Het pamflet was gericht tegen het regime van de toenmalige Franse keizer Napoleon III in de vorm van een fictionele dialoog tussen Machiavelli en Montesquieu. In De Protocollen wordt het echter gepresenteerd als een geheime vergadering van Joodse leiders ('de wijzen van Zion'). Ongeacht het bewijs dat het om een vervalsing ging, kende het document een enorme verspreiding in onder meer de Verenigde Staten, Frankrijk en Engeland. Maar het was voornamelijk in Duitsland waar De Protocollen echt voet aan de grond kregen. Ze vormden een belangrijk element van de nazi-ideologie. Adolf Hitler noemde De Protocollen al in 1924 in de eerste versie van Mein Kampf. Voor Hitler waren zij het overtuigende bewijs dat de Joden de wereldmacht in handen wilden nemen. Dat het in werkelijkheid om een vervalsing ging, interesseerde hem niet. Hitler zag in de geschiedenis overal de nefaste invloed van de Joden. Dit was voor hem het ultieme bewijs voor de echtheid van het document. Een echte samenzwering vond echter plaats op 20 januari 1942, waarvan de notulen wel authentiek zijn. Deze samenzwering wordt ook wel de Wannseeconferentie genoemd. Hierbij kwamen vijftien hooggeplaatste nazi's samen om een definitief besluit te nemen over het 'evacueren' van de Europese Joden. De plannen hiervoor bleken een stuk uitvoerbaarder dan deze die verward neergeschreven staan in De Protocollen van de Wijzen van Zion. De realisatie van deze plannen wordt vandaag de dag door negationisten stellig ontkend.

Complotdenken ontkrachten lijkt vaak onbegonnen werk. Complotdenkers zullen namelijk altijd een samenzwering zien. Het is daarom haast onmogelijk om met een toegewijde complotdenker in discussie te gaan. Hoeveel kennis je over een bepaald onderwerp ook hebt, in een debat met een complotdenker blijkt die kennis compleet nutteloos. De reden hiervoor is dat zelfs het meest voor de hand liggende bewijs compleet genegeerd wordt en dat de complotdenker zich slechts focust op een handvol eigenaardigheden. Zelfs wanneer men deze eigenaardigheden van tafel weet te schuiven, lijkt de complotdenker telkens weer met iets anders te komen. Denk bijvoorbeeld aan de maanlanding die zogenaamd in scène was gezet en hoeveel mensen en organisaties hierbij betrokken waren. De zeer terechte kritiek dat zoveel mensen hun mond hebben weten te houden en dat de kans dat zoiets uitkomt gewoonweg te groot is, kunnen complotdenkers makkelijk pareren. De complotdenker werpt op dat deze mensen deel uitmaken van het complot, zwijggeld hebben gehad of ernstig worden bedreigd wanneer ze uit de biecht klappen. Een goede reden om niet met complotdenkers in debat te gaan is dat je op die manier doet voorkomen alsof hun aannames een zekere mate van legitimiteit bezitten. Zo lijkt het alsof zij een mening vertolken die niet per definitie verworpen dient te worden.

In plaats van met complotdenkers in discussie te treden, is het beter om te focussen op de vraag hoe we complotideeën minder aantrekkelijk kunnen maken en hoe te voorkomen dat ons denken 'besmet' raakt door de logica van complottheorieën. Mensen herkennen overal patronen in en dat maakt ons vatbaar voor complottheorieën. Dit herkennen van patronen kan echter ook het complotdenken tegengaan. Door de onveranderlijke basisstructuur van complottheorieën te leren doorgronden, kan men het brein beschermen tegen de invloed van complottheorieën. Het is echter belangrijk dat men de intellectuele bagage om dit te kunnen doorgronden reeds op jonge leeftijd meekrijgt, voor men op systematische wijze kan worden blootgesteld aan complottheorieën. Denk bijvoorbeeld aan het onderwijs. Er zijn manieren die kunnen helpen het complotdenken hier tegen te gaan. In de brochure Omgaan met Complotdenken in de Klas van de Anne Frank Stichting staan bijvoorbeeld een aantal tips voor onderwijzers. Dat deze methoden niet altijd werken, blijkt wanneer leerlingen vanuit hun achtergrond al een bepaalde ideologie hebben meegekregen, wat het al lastig maakt om hen op een ander spoor te brengen.